Millo va ser diputat al Parlament per CiU entre 1995 i 2003, on va arribar a ser portaveu adjunt del grup parlamentari convergent entre 1999 i 2003. Tradicionalment, s'havia enquadrat en el sector més nacionalista d'UDC, enfrontat amb la direcció de Josep Antoni Duran i Lleida.
Tot i aquestes credencials, o a causa d'aquestes, UDC va decidir que Millo no repetiria a les eleccions al Parlament d'aquell 2003, sinó que la cap de llista gironina seria Elena Ribera. Davant d'aquesta situació, l'ara cap de llista popular hauria mirat de contactar amb el dirigent republicà Josep Huguet, amb qui hi tenia una certa afinitat personal, amb la intenció d'abandonar Unió i passar a ser un dels dirigents gironins de la formació republicana. Huguet li hauria fet arribar el missatge que veuria amb bons ulls que passés a militar a ERC, però que el seu lloc a les llistes i a la direcció gironina l'haurien de determinar els militants en assemblea.
En rebre aquest missatge, Millo hauria decidit refredar el seu salt a les files republicanes. Al cap de quatre dies, atònit, Huguet va veure als mitjans de comunicació com el llavors màxim dirigent del PPC, Josep Piqué, anunciava l'arribada de Millo a les files populars en el marc del 'gir catalanista' que estava imprimint a la secció catalana del partit de José María Aznar.
Just després de passar-se al PP, Millo va declarar en una entrevista al diari El Punt que 'en absolut no em sento traïdor' i va explicar que el seu canvi d'UDC al partit d'Aznar responia a motius 'més personals que ideològics'.
Número 2
El salt popular de Millo, economista de formació, va veure's recompensat. El 2004 va ser nomenat com a flamant número 2 de Jordi de Juan a les eleccions al Congrés espanyol, per bé que ni l'un li l'altre no van sortir escollits -essent Girona l'única demarcació de tot l'estat on el PP no va aconseguir cap representant, amb només l'11,45% dels vots.
El nomenament de Millo com a número 2 gironí 'desfermà la protesta de quadres històrics quese sentien preterits i amenaçats de contagi nacionalista. Dos d'ells, el regidor d'Olot, Joaquim de Trinxeria, i l'exregidora de Sant Feliu de Guíxols, Paula González, abandonaren la candidatura provincial en mostra de desacord', segons que explica l'historiador Joan B. Culla al seu llibre La dreta espanyola a Catalunya.
Tot i el fracàs electoral, Piqué va continuar confiant-hi plenament, fins al punt que al novembre d'aquell mateix any, en el transcurs del XI Congrés del PPC, el va imposar a la militància com a vocal del comitè executiu, juntament amb Julia García-Valdecasas, Susanna Bouis i Pedro Farreras.
Dos anys més tard, el 2006, Millo va acabar esdevenint el cap de llista dels populars per Girona a les eleccions al Parlament, tornant a ser escollit diputat.
La crisi del 2007
Les eleccions municipals del 2007 no van ser gaire profitoses per al PPC, i molt menys per al PP de les comarques gironines. Segons Culla, 'les municipals del 2007 van deixar pas, en el si del PP català, a l'exteriorització de les tensions latents i a l'intercanvi de retrets sobre la culpa del fracàs electoral. A Girona, la crisi esclatà de seguida amb la dimissió-expulsió del secretari general, Jean Marie Castel, i de dos membres més de l'executiva, els quals acusaren d'incompetència i d'actituds dictatorials tant la presidenta provincial, Concepció Veray, com l'home fort i l'aposta de Piqué a la demarcació, Josep Enric Millo'.
Piqué surt d'escena
El seguit de tensions en el si de la formació popular van acabar propiciant que Josep Piqué dimitís com a president del PPC el 19 de juliol de 2007. A partir de llavors, Daniel Sirera va passar a controlar el partit, amb el vist-i-plau del llavors secretari general del PP estatal, Ángel Acebes.
Millo i Sirera no van acabar de connectar mai, en tant que li criticava la deriva 'radical i allunyada del centre, l'ultraespanyolisme dictat des de Madrid', segons Culla. El lideratge de Sirera es va demostrar efímer, essent substituït d'immediat per la blanenca Alícia Sánchez Camacho, amb qui Millo hauria arribat a un acord de no-agressió a canvi de continuar encapçalant la llista gironina.