Els treballs que Adif ha licitat per valor d'1,198.281 milions d'euros es compatibilitzaran amb el funcionament normal de l'estació de Flaçà (Gironès). Entre les principals actuacions, destaca el perllongament de les andanes en uns 200 metres útils per facilitar l'accés i la comoditat dels usuaris als trens. També es milloraran les escales, els ascensors i l'edifici de viatgers des de les andanes per tal d'adequar-les a les noves mides.
Així mateix, també es col·locaran al voltant de les andanes una banda groga, una franja de seguretat i un paviment tàctil per a les persones amb discapacitat visual . També es construiran noves marquesines, de 50 metres de llarg, i en l'accés des de l'exterior de l'edifici de viatgers amb una longitud d'11 metres.
Els treballs inclouran la instal·lació de 14 punts de llum que permetran dotar l'estació d'una major il·luminació.